Certifikat je rezultat kontrole in certificiranja zapisnikov. Vsebuje naslednje podatke: naziv kontrolne organizacije, ime ali naziv pridelovalca, kontrolno številko kmetije/obrata, datum izvedene kontrole, predpise, po katerih je bila kmetija/obrat certificiran(a), status posameznih pridelkov in živil (iz preusmeritve, ekološki), čas veljavnosti certifikata, pogoje za ohranitev veljavnosti ceritifkata, številko in datum izdaje certifikata. Pri prodaji pridelkov in živil z oznako "ekološki", mora biti certifikat na vpogled pri prodajalcu.

Certifikat izda s strani MKGP pooblaščena institucija Inštitut za kontrolo in certifikacijo v kmetijstvu in gozdarstvu Maribor, Vinarska ul. 14, 2000 Maribor (SI-EKO-001).